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日前,由美国加州大学、深圳华大基因完成的研究《Complex evolutionary trajectories of sex chromosomes across bird taxa》发表在《Science》上。该研究通过对不同进化水平的17种鸟类基因组,以及性相关染色体(W染色体)的分析,尤其是PARs(pseudoautosomal regions)区域,进而了解鸟类性相关染色体的复杂进化轨迹,以及不同鸟类在PARs区域基因构成的分化程度。
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其中,鸵鸟作为一种较为古老的鸟类,拥有特别大的PARs区域,其全基因组序列信息对于研究鸟类性染色体进化有着至关重要的作用。因此,在该研究中,OPGEN全基因组光学图谱(Whole Genome Mapping, WGM)被用来提升鸵鸟全基因组数据质量。
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注:OM,Optical Mapping,OPGEN全基因组图谱系统所生成的光学图谱
可见,OPGEN全基因组图谱系统对鸵鸟的全基因组序列质量起到了令人难以置信的提升作用:Scaffold N50提升5倍,骨架数量从101减少到22;N90提升6倍,骨架数量从414减少到83。而完成这种提升所需要的OPGEN实验数据,仅仅需要2周即可得到。这样的提升幅度和提升效率,是经典的建库方法所无法达到的。而它所花费的经济成本,也仅仅只是经典建库方法的1/5或更低。
这是OpGen的全基因组图谱技术又一次在顶级期刊上证明其在基因组研究中的价值。此前,利用这项技术完成的无油樟、仓鼠、山羊、绦虫、梅花等基因组研究就发表在《Nature》及《Science》上。而OpGen的全基因组图谱技术在这些实际案例中的成功应用,也证明了它无可比拟的成熟性与稳定性。
关于OpGen全基因组图谱技术
OpGen全基因组图谱技术,利用全自动、高通量的方法,能够对DNA单分子进行限制性内切酶图谱分析,并将DNA单分子图谱组装成染色体水平甚至基因组水平的图谱,即全基因组图谱。利用该图谱,可以进行基因组完成图序列拼接、比较基因组分析、微生物菌株分型等研究。其成功应用物种已超过300种,发表文献超过140篇,包括《Lancet》、《Nature》、《Science》、《PNAS》等顶级期刊。
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关于上海吉泰远成生物科技有限公司
自2010年起,上海吉泰远成生物科技有限公司成为OpGen公司中国区独家代理商,全线代理OpGen的Argus™基因组光学图谱系统。上海吉泰远成生物科技有限公司是一家专注于生命科学和生物技术领域的高科技企业,是国内代理销售生物试剂、仪器并自主研发生产的知名公司。目前公司已建立起全国性销售、信息、物流网络,总部设在上海。
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